Український антарктичний журнал

№ 10-11 (2012): Український антарктичний журнал
Articles

Секвенування послідовностей rbcL та ITS2 антарктичних рослин для визначення можливості їх використання у ДНК-штрихкодуванні

PDF
  • В. П. Дуплій,
  • Н. А. Матвєєва,
  • А. М. Шаховський,
  • О. М. Кіщенко,
  • Л. Є. Курбатова
В. П. Дуплій
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України, Київ
Н. А. Матвєєва
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України, Київ
А. М. Шаховський
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України, Київ
О. М. Кіщенко
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України, Київ
Л. Є. Курбатова
Ботанічний інститут ім. В.Л. Комарова РАН, Санкт-Петербург
DOI: https://doi.org/10.33275/1727-7485.10-11.2012.306
Опубліковано December 31, 2012
Ключові слова
  • molecular taxonomy,
  • DNA barcoding,
  • Antarctic plants,
  • in vitro culture
Як цитувати
Дуплій, В. П., Матвєєва, Н. А., Шаховський, А. М., Кіщенко, О. М., & Курбатова, Л. Є. (2012). Секвенування послідовностей rbcL та ITS2 антарктичних рослин для визначення можливості їх використання у ДНК-штрихкодуванні. Український антарктичний журнал, (10-11), 263-271. https://doi.org/10.33275/1727-7485.10-11.2012.306

Анотація

Оптимізовано методику виділення загальної ДНК для ряду рослин Антарктики, що культивуються in vitro. Вивчено можливість застосування відповідних праймерів для ампліфікації ділянок хлоропластної і ядерної ДНК (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) рослин Антарктики Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch & Schimp. (2 зразки), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. з метою подальшого використання цих ділянок для ДНК-штрихкодування. Показано, що зазначені праймери можуть бути використані для ампліфікації гена rbcL та міжгенного спейсера ITS2 як судинних рослин, так і мохоподібних Антарктики. Секвеновано ампліфіковані ділянки гена rbcL та міжгенного спейсера ITS2, за сіквенсами цих ділянок один з досліджуваних зразків було визначено до виду, а три – до роду.

PDF

Посилання

  1. Zaxarov, I., Shajkevich, E., Ivshin, N. (2007). DNK-shtrixkodirovanie v e`ntomologii [DNA-barcoding in enthomology]. Priroda, 9, 3-9.
  2. Altschul, S., Gish, W., Miller, W. et al. (1990). Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol., 215(3), 403-410.
  3. Chase, M., Cowan, R., Hollingsworth, P. et al. (2007). A proposal for a standardised protocol to barcode all land plants. Taxon, 56, 295–299.
  4. Chen, S., Yao, H., Han, J. et al. (2010). Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species. PLoS One, 5(1), e8613.
  5. Chiou, S.J., Yen, J.H., Fang, C.L. et al. (2007). Authentication of medicinal herbs using PCR-amplified ITS2 with specific primers. Planta Med., 73, 1421–1426.
  6. Gao, T., Sun, Z., Yao, H. et al. (2011). Identification of Fabaceae Plants Using the DNA Barcode matK. Planta Med., 77(1), 92-94.
  7. Hebert, P., Cywinska, A., Ball, S. et al. (2003a). Biological identifications through DNA barcodes. Proc. R. Soc. Lond. B Biol. Sci., 270, 313–322.
  8. Hebert, P., Ratnasingham, S., & de Waard, J. (2003b). Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc. R. Soc. Lond. B Biol. Sci., 270(Suppl.), S596–S599.
  9. Hollingsworth, P., Forrest, L., Spouge, J. et al. (2009). A DNA barcode for land plants. PNAS, 106(31), 12794–12797.
  10. Kress, W., Wurdack, K., Zimmer, E. et al. (2005). Use of DNA barcodes to identify flowering plants. PNAS, 102(23), 8369–8374.
  11. Kress, W.J., & Erickson, D.L. (2007). A two-locus global DNA barcode for land plants: The coding rbcL gene complements the non-coding trnH-psbA spacer region. PLoS ONE, 2(6), e508.
  12. Lee, H.-L., Yi, D.-K., Kim, J.-S., & Kim, K.-J. (2007). Development of plant DNA barcoding markers from the variable noncoding regions of chloroplast genome. In: Second International Barcode of Life Conference. Academia Sinica, Taipei, Taiwan,18-20 September, 2007. – p. 23.
  13. Murashige, T., & Skoog, F. (1962). A revised medium for rapid growth and bioassay with tobacco tissue culture. Phys. Plant, 15(3), 473-497.
  14. Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N. et al. (2011). MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. In: Molecular Biology and Evolution, 28, 2731-2739.
  15. White, T., Bruns, T., Lee, S. et al. (1990). Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In M. Innis, D. Gelfand, J. Sninsky, T. White (Eds.), PCR protocols: A guide to methods.